სამეურნეო-ფინანსური დეპარტამენტი უზრუნველყოფს კომერციული შემოსავლების მართვას; ეკონომიკური საფინანსო საქმიანობის დაგეგმვასა და მონიტორინგს; ინსტიტუტის სამეცნიერო გრანტების მონიტორინგს; უზრუნველყოფს მივლინებებისა და კონფერენციების, ვორქშოფების, ზაფხულისა და ზამთრის სკოლების ორგანიზებას; ახორციელებს ბუღალტრული აღრიცხვის მონიტორინგს, ფინანსური აქტივებისა და მატერიალური ფასეულობების მართვასა და მონიტორინგს.